Katolická církev, ač se Hus vždy cítil jejím pravověrným údem, byla a je v podstatně složitější situaci. Husa odsoudil a poslal na smrt nejvyšší tehdejší orgán katolické církve, obecný koncil. Učinil tak v rámci víceméně korektně vedeného procesu, ale své rozhodnutí vyslovil nerad, vlastně proti své vůli. V dané situaci nebylo politicky žádoucí, aby reformně orientovaný koncil, rovněž usilující o nápravu církve, vynesl krutý ortel nad reformně smýšlejícím knězem. Husovo pojetí církve, spravedlnosti a práva však vylučovaly kompromis. Koncil si uvědomoval to, co Hus sám možná plně nechápal. Výklad božího zákona jako závazného kritéria sloužícího k posouzení veškeré lidské činnosti nemůže být záležitostí jedince, subjektivně přesvědčeného o své pravdě, vyvolenosti a spasitelském poslání. Logickým důsledkem by pak byl rozpad základních struktur, na nichž společnost spočívá. Koncil nepreferoval individuální či skupinové reformní iniciativy, nýbrž volil protoparlamentární cestu. Dával u vědomí nezbytnosti církevní reformy přednost konsensu delegovaných zástupců všech významných duchovních institucí křesťanské Evropy.
I když koncil se svými snahami uspěl toliko částečně a dočasně, jeho rozsudek nad Husem zůstal pro katolickou církev na dlouhá staletí závazný. Její zcela odmítavý vztah k Husovi částečně rozrušil až nástup osvícenství, prosazujícího zásady názorové tolerance a odsuzujícího náboženský fanatismus. V poslední čtvrtině 18. století se někteří katoličtí intelektuálové pokusili o jistou Husovu rehabilitaci, promítajíce do jeho kauzy poněkud ahistoricky problémy vlastní doby a nahlížejíce betlémského kazatele jako mučedníka svědomí. Nepřesně tak pochopili Husova slova před koncilem, že jeho svědkem v probíhajícím procesu je, v souladu s teorií o zpovědi a pokání, vlastní svědomí. To byl počátek dlouhého i nejednoznačného vyrovnávání se katolické církve s Husovou osobností. Husa už nadále nebylo možné v rámci seriózních výkladů jednoduše označit jako heretika. Jeho nepominutelný dějinný zjev vyžadoval vysvětlení tím naléhavější, že se betlémský kazatel stal v šedesátých letech 19. věku symbolem emancipující se české národní společnosti, která v něm, rovněž nehistoricky, spatřovala bojovníka za demokracii, za občanskou a jazykovou rovnost, proti politické moci aristokracie a katolické církve, prostě za společenský pokrok. To je ostatně i jeden z důvodů, proč katolická církev v českých zemích zaujímala vůči Husovi negativní (či přinejmenším rozporuplný) postoj.
Nemá smysl sledovat zde všechny peripetie vztahu katolické církve k Janu Husovi. Učiním jen dvě zastavení. První v případě II. vatikánského koncilu, jenž v letech 1962 – 1965 znamenal mezník v dějinách katolicismu, fakticky uznal opodstatněnost některých reformních husitských kroků a naznačil hypotetickou možnost Husovy rehabilitace. Druhé zastavení si nepochybně zaslouží papež Jan Pavel II. a jeho řeč pronesená v pokročilém adventu roku 1999. V ní vyslovil hlubokou lítost nad krutou smrtí, na kterou byl Jan Hus vydán, i nad následnou ranou přivodivší rozdělení českého lidu „v myslích a srdcích“. Papežův projev byl nedílnou součástí snahy katolické církve přehodnotit po dramatickém zvratu let 1989 – 1990 vlastní dějiny, udržet si reputaci a ukázat světu přívětivější tvář. S tvrzením, že nárok na přisvojení si Husa nemá žádná křesťanská církev, neboť jeho postava stojí nejen na pomezí středověku a novověku, ale i mezi národy a konfesemi, lze jistě souhlasit. Vyrovnávání se s Husem tím však pro katolickou církev (a vlastně i další křesťanské církve) neskončilo a hned tak neskončí. Dějiny nás kupodivu vždy dostihnou. Čerstvě schválené církevní restituce jsou v očividném rozporu s Husovým a husitským požadavkem, aby církev žila podle apoštolského vzoru prostě a v chudobě, odkázána pouze na dobrodiní věřících, o jejichž duše je povinna pečovat.