Od svého vysvěcení Hus často kázal. Jsou doložena jeho kázání v letech 1401–1402 v kostele sv. Michala na Starém Městě. Tento kostel je tedy také významnou památkou českých duchovních i kulturních dějin. Do Betlémské kaple se Hus dostal zcela neplánovaně. Známý kazatel Štěpán z Kolína na své místo rezignoval a po určitém jednání, které nevyznívalo pro Husa vždy příznivě, se Hus přece jen stal betlémským kazatelem. Zůstal jím pak plných 10 let. V tomto okamžiku ještě nikdo netušil, k jak důležitému kroku nejen v životě Husově, ale i v dějinách celého českého církevního reformního hnutí došlo. Církevní působení  univerzitních mistrů, pokud byli vysvěceni na kněze, bylo celkem obvyklou záležitostí. Husova činnost v Betlémské kapli narážela od počátku na řadu formálních potíží, neboť v případě Betlémské kaple nešlo o farní kostel. Hlavním problémem se staly možné příjmy. Hus se nakonec dohodl s farářem farnosti sv. Filipa a Jakuba, do které Betlémská kaple patřila, na odškodném. Tento problém tu existoval už od založení kaple, snahy o jeho řešení však nebyly dostatečné. Zvláštní postavení Betlémské kaple se mělo stát i v budoucnu problematickou záležitostí, která bude účelově použita proti jejímu kazateli. Hus se stal v krátké době velmi populárním kazatelem. Kázal latinsky i česky, podle posluchačů, kteří se shromažďovali pod jeho kazatelnou. Materiál, Jmenování mistra Jana Husa správcem Betlémské kaple, Listina ze 14.3. 1402, (Archiv Univerzity Karlovy, sign. I/42) používaný v kázáních, byl naprosto obvyklý, citoval Písmo a církevní autority, na které se jako pravověrný katolík odvolával. V jeho pojetí byla tradice pramenem Božího zjevení, ale také čím dál, tím více konfrontoval tuto tradicí tím, co obsahuje Písmo svaté. Většinou postupoval tak, že se snažil za každou cenu dokázat, že autority – Otcové a učitelé církve – nejsou v rozporu s tradicí. Problém  svrchovanosti Písma, který později u Husa tak tragicky vyvrcholil, se zde sice již rýsuje, ale nestojí v popředí. Husova kázání v Betlémě byla oblíbená proto, že se dotýkala aktuálních témat. Do jisté doby (k onomu zlomu dochází v letech 1408–1410) byl Hus dokonce vítaným kritikem i pro světskou a církevní vrchnost, neboť král i arcibiskup usilovali  - každý svým způsobem – o církevní i  společenskou reformu. V letech 1402–1403 se tedy Husova kariéra začíná slibně rozvíjet. Současně se však polarizují stanoviska. Důležitou roli nejen v  Husově životním příběhu, ale i v dějinách české církevní reformy, má anglický reformátor John Viklef 1330–1384. V zápase o Viklefa se nakonec ukázal nejen rozpor, ale i jádro problému.

V letech 1402–1403 přináší dva významné Viklefovy spisy Dialogus a Trialogus do Prahy z Oxfordu Husův univerzitní kolega a později i druh v utrpení Jeroným  Pražský. Stejně jako celá řada dalších událostí se i tento mezník nedá přímo určit  a časově je možno jej odvodit jen z celkového kontextu.

Na počátku 15. století dochází i v Evropském měřítku znova k diskusi o  Viklefových názorech. Čím byl Viklef tak aktuální a pro tehdejší církev nebezpečný? Určitě ne tím, že zastával vyhraněný filozofický realismus (obecné pojmy mají své konkrétní předobrazy). Horší bylo, že Viklef učil, v souladu s jinými mysliteli té doby, že světští páni mohou v církvi nastolit pořádek tehdy, když v ní není a když sama toho není schopna. Viklef vyslovil také tehdy velmi provokativní tezi, že kdo není ve stavu milosti, nemůže vládnout (ve spise o světském panování De civili domino z roku 1376). Neurčil však blíže, jak se určí, kdo je nebo není ve stavu milosti. Byl to právě Viklef, kdo také mohutně zaútočil na církevní tradici, jejíž normativní úlohu v podstatě popřel. Podle něho tradice  není pramenem Božího zjevení, jediným měřítkem pro církevní učení i praxi je  Bible, Písmo svaté. Tyto názory vyslovil ve spisech De Ecclesia (O církvi), De veritate sacrae scripturae (O pravdě Písma svatého) a De potestate papae (O moci papežské), které napsal v letech 1377–1378. Snad nejvíce provokoval  Viklef svým učením o Večeři Páně, které s ním ovšem Hus nikdy nesdílel. Viklef se v otázce přijímání přikláněl k tzv. remanenci, tedy k nezdůrazňování  přepodstatnění chleba a vína v tělo a krev Kristovu, ale kladl důraz na duchovní  přítomnost Krista, která je těmito živly symbolizována. Právě v roce 1403 došlo k důležitému kroku, který měl fatální dopad na další Husův život.

Mistr pražské univerzity, Němec Jan Hübner, pocházející ze Slezska, podal pražské arcibiskupské kapitule 24 článků z Viklefova díla, které byly odsouzeny již dávno předtím v Londýně a přidal k nim dalších 21 vět z Viklefova díla, které sám vybral. Požadoval, aby toto učení bylo odsouzeno i v Praze. Arcibiskupští úředníci se obrátili s prosbou o dobrozdání na pražskou univerzitu, kde se konala v květnu 1403 na toto téma bouřlivá disputace. Čeští mistři většinou Viklefa hájili proti ostatním. Vedle Husa pro Viklefa horlivě vystupoval Stanislav ze Znojma a zejména Štěpán Páleč. Nicméně na univerzitní disputaci byl Viklef odsouzen, neboť čeští mistři byli v menšině.

Od této doby se stává Viklefovo učení nesmírně důležitým katalyzátorem, který povede obě strany na nesmiřitelné pozice. Ve vypjaté atmosféře roku 1403 píše Stanislav ze Znojma spis De corpore Christi (O těle Kristově), kde se přiklání k  Viklefovu učení o remanenci, které je ovšem z hlediska tradičního pohledu církve velmi diskutabilní. 

Počátky Betlémské kaple

Povinnost výběru správce kaple přešla podle zakládací listiny na tři mistry z Karlovy koleje, rodem Čechy. Činnost kaple byla podporována četnými odkazy a postupně při ní vyrůstala i kolej pro české studenty. Dispozice kaple  představovala nečleněný sál o rozloze 798 m2 a tato prostora pojala až 3000 návštěvníků, reprezentujících asi 1/13 obyvatel všech pražských měst! Kaple se nacházela v té části Starého Města, kde žilo velké množství česky mluvícího obyvatelstva a byla situována i do blízkosti bývalého centra Milíčova reformního úsilí nazývaného dříve Jeruzalém. Činnost Betlémské kaple tak propojovala mecenášství českých dvořanů krále Václava, kriticismus představitelů českého univerzitního národa a české pražské měšťanské prostředí s odkazem  reformního díla Milíčova okruhu.

K plodům reformních snah doby Karla IV. patřila kazatelská kritika morálních výstřelků osobností, které měly být ostatním duchovní autoritou. Více, než vyhlášený rakouský kazatel Konrád Waldhauser (+1369), oslovil česky mluvící obyvatelstvo Prahy svými kázáními jeho následovník Jan Milíč z Kroměříže (+1374), který se vzdal slibné kariéry královského úředníka a kanovníka svatovítské kapituly, aby se mohl plně věnovat kazatelskému poslání. Jeho asketický život, výmluvnost, odvaha a vytrvalost, s jakými vystupoval a odhaloval zlořády jako projevy apokalyptického Antikrista, mu získaly mnoho příznivců i četné nepřátele. V místě zrušených pražských nevěstinců budoval pro napravené padlé ženy zbožný útulek s kaplí zasvěcenou sv. Máří Magdaléně a příbytkem pro žáky budoucí kazatelské školy. Dostal se však do soukolí kanonického procesu, v jehož průběhu zemřel. Aktivita Milíče a jeho žáků přerostla v opravné hnutí, jehož vnější projevy byly sice potlačeny, ale zanechaly trvalou stopu.

K významným osobnostem, hlásícím se k Milíčovu odkazu, patřil mistr Matěj z Janova (+1394). „Mistr pařížský", jak byl Matěj zván pro svou mimořádnou studijní průpravu na pařížské univerzitě, otevřel ve svém díle „Pravidla Starého a Nového zákona" řadu témat, která byla později reformací rozvinuta. Téma boje s pokrytectvím, zosobněným v démonické postavě Antikrista, šlo ruku v ruce s důrazem na Písmo svaté. Matěj dále rozvedl Milíčovu myšlenku o častém přijímání večeře Páně tak, že účastí na svátosti eucharistie podmínil správné přijímání slov evangelia. Mistr Matěj, zastávající vážený úřad pražského svatovítského kanovníka, se nikdy nedostal do přímého konfliktu s autoritou církve. Když byl roku 1389 donucen k odvolání některých svých názorů, podřídil se arcibiskupskému soudu.

Vysokoškolské studium

Předpokládaná doba odchodu mladého Jana Husa z domova a jeho příchodu do Prahy nastala mezi lety 1386–1390. V hlavním městě království se nazýval nejprve „Janem z Husince" a teprve později psal své jméno ve tvaru „Jan Hus". Tříleté studium na fakultě svobodných umění, představující základ systému vzdělání na pražské univerzitě, ukončil Hus roku 1393 dosažením první akademické hodnosti, titulu bakaláře svobodných umění. Hus se nespokojil s tímto výsledkem, zůstal členem univerzity a směřoval k vyšším stupňům akademických hodností. V roce 1396 pak vykonal mistrovské zkoušky a stal se
mistrem svobodných umění.

Mistr Jan Hus byl poté čekatelem řádné profesury, pro niž univerzitní statuta předepisovala další dvouleté zkušební období. Tehdy se Hus mimo jiné blíže seznámil s názory oxfordského reformátora Jana Viklefa 1384, které výrazně ovlivnily jeho následný myšlenkový vývoj. Roku 1398 dokončil pro svou potřebu opisy vybraných Viklefových textů. Téhož roku získal již jako erudovaný člen univerzitní obce další zajímavou příležitost pro uplatnění svých schopností. Velmi pravděpodobně byl členem poselstva krále Václava IV., které se podílelo na setkání českého panovníka, zastávajícího v té době zároveň úřad krále římského, s francouzským králem Karlem VI. v Remeši.

Významným centrem akademického života českého univerzitního národa se kromě příslušné koleje stala již před polovinou devadesátých let Betlémská kaple, založená roku 1391. Činnost Betlémské kaple souvisela s nadacemi podporujícími české studenty a zároveň se zde poskytoval prostor českým kazatelům, spjatým s univerzitou, k šíření reformních myšlenek mezi laickou pražskou veřejností. Mistr Jan Hus poznal kapli nejprve jako zbožný návštěvník a posluchač kázání, později, od 1402, jako její dlouholetý duchovní správce a  kazatel. Aby však tohoto postavení mohl dosáhnout, musel se nejprve stát příslušníkem kněžského stavu.

Pravděpodobně nedlouho po dosažení mistrovského stupně v oboru svobodných umění se mistr Jan Hus, vedle svých dalších univerzitních aktivit, začal připravovat pro kněžskou dráhu studiem na teologické fakultě pražské  univerzity.

Bakalaureátu teologie dosáhl Jan Hus až v průběhu prvního desetiletí 15. století. V té době si již vydobyl uznání jako zkušený vysokoškolský pedagog a známý  kazatel.

Nižší stupeň svěcení jáhenství získal mistr Jan Hus asi ve věku třiceti let v dubnu roku 1400 a na kněze byl vysvěcen pravděpodobně před červnem 1401.  Tím započalo nové období jeho života.

Život členů pražské akademické obce

Středověká univerzita byla institucí, rozvíjející se v Evropě od 12. století a opírající se nejen o dědictví antické vzdělanosti, ale též o vzory komunit středověkých městských obcí a cechovních řemeslnických korporací. Pro společnou obec učitelů a studentů se vžil pojem „universitas".

Existence Pražské univerzity jako první středoevropské vysoké školy byla právně zajištěna v letech 1347–1349 souborem privilegií papeže a Karla IV. jako krále a císaře. V době svého největšího rozkvětu byla univerzita tvořena čtyřmi fakultami svobodných umění: teologickou, lékařskou a právnickou, která se posléze transformovala do samostatné právnické univerzity. Hmotné zabezpečení studentů i univerzitních profesorů bylo vázáno na kolejní instituce (kolej - collegium), materiálně zajištěné pomocí výnosů z darovaných vsí či z jiných nadání a spjaté s domy, v nichž sídlili členové univerzity.

Politické události v závěru 14. století

Významný zdroj rozporů se nalézal také v bezprostředním králově okolí, kde ve dvorském prostředí získávali stále větší vliv Václavovi oblíbenci z řad nižší šlechty na úkor příslušníků vyšší feudality. Porušení křehké mocenské rovnováhy vedlo až ke střetnutí mezi členy lucemburské dynastie. Mocenskou hru proti slabému Václavovi rozehráli jeho příbuzní bratranec moravský markrabě Jošt a nevlastní
bratr uherský král Zikmund.

Prožitek tísně a trvalého zhoršování poměrů u lidí Husovy generace mohl být umocňován i dalšími negativními jevy, k nimž patřily opakované morové epidemie, kořistění a zvůle loupeživé šlechty, či stupňování xenofobie, vybíjející se v protižidovském pogromu. Dobová realita se jevila ještě tíživější ve srovnání s ideálem uplynulé doby vlády císaře Karla.