Napjatá situace se  vytvářela již od roku 1403 při polemikách o Viklefovo učení. Tehdy německý mistr Hübner doplnil dosavadní články vybrané z Viklefových spisů na počet 45 a označil je jako bludné. Spory o Viklefa se nyní rozhodl ukončit, i arcibiskup, který při synodách roku 1406 a 1408 vydal zákaz hlásat Viklefovy názory a studovat jeho spisy. Někdy koncem roku 1408 nebo počátkem 1409 vydal dokonce příkaz k odevzdání Viklefových knih ke zjištění, zda v nich jsou obsaženy bludy. Navíc byly vyhlášeny zákazy kázání ve Viklefovském duchu a tím byl postižen i Hus jako kazatel v Kapli betlémské.

Proti tomu se odvolalo pět pražských studentů k papežskému stolci. Synoda z  června 1409 oficiálně vyhlásila povinnost odevzdat Viklefovy knihy. Napětí mezi  arcibiskupem a Husem a jeho straníky se stupňovalo. Na podzim roku 1409 byl  Hus zvolen rektorem univerzity.

Jako rektor pronesl Hus 3. prosince 1409 kázání na paměť Karla IV.: Confirmate corda vestra, (Upevněte svá srdce).

Arcibiskup reagoval na žalobu studentů u kurie žádostí o schválení svých příkazů k odevzdání Viklefových knih a zákazu kázání na soukromých místech. To se podařilo a papež Alexandr V. dne 20. prosince 1409 vydal bulu, jež plně vyhověla přáním arcibiskupa a navíc ho zmocnila, aby si dal předložit Viklefovy knihy, aby  zmizely z očí věřících. Současně zakázala kázání na soukromých místech, čímž měla být postižena Kaple betlémská. Hus byl přesvědčen - zdá se, že právem - že bula byla "koupena". Papež zrušil také citaci proti arcibiskupovi.

Kázání pokračovala, bula nebyla v Praze respektována a proti jejím ustanovením protestovala i pražská univerzita.

Synoda z června 1410 obnovila příkaz k odevzdání knih a nařídila jejich spálení. Proti tomu podal Hus spolu s několika dalšími účastníky žalobu k papežské kurii. Jeho podáním se jeho záležitost dostala před papežský soud. Arcibiskup vyhlásil proti apelantům klatbu a dne 16. července 1410 dal arcibiskup knihy skutečně  spálit.

Až do roku 1408 se těšil Hus přízni arcibiskupa Zbyňka Zajíce z Hazmburka.  Dvakrát, v létech 1405 a 1407, se mu dostalo cti kázat při synodách a  nedocházelo k žádným nedorozuměním ani pro stále se rozšiřující církví  nepřijatelné Viklefovy názory. Hus nepřestával kritizovat neblahý stav kněžstva.

Teprve roku 1408 podali pražští faráři u arcibiskupa žalobu na Husa, který kázal  proti hrabivosti kléru a proti různým platům, které kněží vybírali za své úkony. Hus v obšírné odpovědi vyložil své zásady. Prozatím se nesetkal se žádným  nepříznivým důsledkem.

Před koncem roku 1408 se na mezinárodní politické scéně rozvířila složitá otázka odstranění papežského schismatu, trvajícího již 30 let. K odstranění  dvojpapežství a opětného získání církevní jednoty svolali kardinálové koncil do  Pisy. Jejich snaze byl nakloněn král Václav IV., ale jeho úsilí na univerzitě  podporoval jen národ český, zatímco tři ostatní národy - bavorský, saský a polský - odporovaly.

Univerzitní národy nebyly výrazem národnostní jednoty - byla sdružení členů univerzity pocházejících z určitých územních celků. )

Vyjednávání dlouho nikam nevedlo a proto se král Václav rozhodl z podnětu českých mistrů, mezi nimi i Husa, změnit poměr hlasů na univerzitě tak, že český  národ měl mít napříště tři hlasy a cizí národy dohromady jen jeden. Stalo se tak 18. ledna 1409 tzv. Dekretem kutnohorským Husova účast při jednání v Kutné Hoře není prokázána, ale jeho podíl na vydání Dekretu je uznáván.

Ačkoli se cizí profesoři a studenti snažili změnit královo rozhodnutí, nepodařilo se jim to a z Prahy uraženě odešli. Prahu opustilo přibližně 800 studentů a profesorů, protože prameny nedovolují úplná zjištění, lze připustit, že počty byly vyšší.

Počty profesorů a studentů, kteří odešli na jiné univerzity:

• Lipsko 302
• Erfurt 52
• Vídeň 36
• Kolín nad Rýnem 6
• Bologna 4
• Heidelberg 3
• Krakov 3
• Paříž 2

 

I když Hus byl již mistrem svobodných umění a vysvěcený kněz, neměl ještě zdaleka vystudovanou teologii. Teologii mohl totiž studovat až po absolutoriu svobodných umění. Kdy přesně začal studovat, nevíme. V každém případě bylo toto studium velmi zdlouhavé. Pravděpodobně na podzim 1404 dosáhl teologického bakalaureátu a mohl začít přednášet vedle filozofie také teologii. Soustředil se na výklad některých epištol z Nového zákona a výklad Žalmů. Tyto výklady, dodnes zachované, umožňují nahlédnout do způsobu, jakým Hus pracoval s Biblí.

Zajímavou postavou v Husově životním příběhu je pražský arcibiskup Zbyněk Zajíc z Hazmburku (arcibiskupem 1402–1411). Obvykle se o něm v souvislosti s Husem hovoří posměšně (dal spálit Viklefovy knihy, kterým příliš nerozuměl), nebyl sice velkým teologem, ale s reformou církve to myslel upřímně. Chtěl zlepšit život kléru, vystupoval proti různým pověrám. Právě Hus měl být a skutečně byl arcibiskupovým pomocníkem v těchto jistě správných snahách. V braniborském Wilsnacku, kde shořelo město i kostel, byla údajně na spáleništi nalezena hostie s pravou Kristovou krví, které byla připisována zázračná moc. Do Wilsnacku se začala sjíždět procesí, která byla pro místní civilní i duchovní správu vítaným zdrojem příjmu. Proti této pověře a účelovému podvodu se arcibiskup postavil a pouti do Wilsnacku pod trestem klatby v roce 1405 zakázal. Hus byl na přání arcibiskupa členem komise, která tento podvod vyšetřovala. Ve stejném roce napsal Hus na toto téma traktát „De sanguine Christi" (O krvi Kristově). Několikrát za sebou byl Hus z vůle arcibiskupa kazatelem na shromážděních (synodách) pražského kléru. Bylo tomu tak v letech 1405, 1406 a 1407. Na těchto shromážděních tvrdě kritizoval pokleslé mravy duchovenstva a vybízel k nápravě. Kázaní se zachovala a jsou jedinečným vhledem do Husových reformních snah.

Velmi důležité je Husovo kázání k univerzitě, které přednesl jako její rektor u příležitosti výročí úmrtí Karla IV. v roce 1409. I když tato slavnostní řeč je v duchu dobových projevů spíše sbírkou citátů, Hus dává vřele najevo svůj vztah k  zakladateli univerzity i k vědcům, kteří ji pomáhali budovat.

Z prvu bezproblémový vztah s arcibiskupem se začal záhy komplikovat. A právě zde působilo i Viklefovo učení. Arcibiskup např. v roce 1406 zakazuje Viklefovo učení o svátosti oltářní. To se ještě Husa příliš nedotklo, neboť v této otázce nesmýšlel stejně jako anglický reformátor. V letech 1407–1408 se postupně začíná Hus s arcibiskupem rozcházet. V roce 1407 je Hus ještě synodním kazatelem a na univerzitě začíná vykládat soubor církevního učení v podobě výkladů k Lombardovým Sentencím. Tyto sentence jsou základní teologickou příručkou pro budoucí kněze.

Arcibiskupovi nebylo jistě příjemné, že Hus přenesl kritiku církve ze synod a z univerzity na betlémskou kazatelnu. Výrazem těchto reformních snah je, že Hus napsal několik mešních písní a české traktáty Devět kusů zlatých (podle cizí předlohy), o Sedmi smrtelných hříších, snad i Zrcadlo hříšníka menší.

Faráře a mnichy pak popudil latinským spiskem, namířeným proti vžitým formám zbožnosti, který se nazýval Contra imaginum adorationem (Proti uctívání obrazů). V roce 1408 padají proti Husovi první obžaloby u pražské konsistoře. Formálně je obžalován z toho, že je viklefista. Jedním z důležitých mezníků byl právě tento rok. Univerzitní mistři v květnu odmítli vykládat Viklefa jako kacíře. Arcibiskup si dal předložit díla, vydal prohlášení, že v nich nic kacířského nenašel, ale Hus byl neustále u něho svými kolegy v duchovní správě z kacířství obviňován. Arcibiskup nakonec začíná Husa podezírat, že je opravdu se vším všudy stoupencem Viklefovým. Pražské duchovenstvo a mniši se cítili velmi pobouřeni tím, že se Hus také dotkl otázky tzv. odúmrtí, což byl zdroj velkých církevních zisků. Napsal totiž české pojednání O braní odúmrtí, které je datováno přibližně právě do této doby.