Am Anfang des 15. Jh. kamen die Werke von John Wiclif aus England nach Böhmen, die Hus besonders dadurch beeinflussten, dass sie sich für die Einführung einer besseren Ordnung in der Kirche eingesetzt haben und scharfe Kritik an der empirischen Gestalt der Kirche übten. Einige neue Gedanken von Wiclif, z.B. vom heiligen Abendmahl (Wiclif lehrt, dass hier keineswegs das wahre Blut und der wahre Leib Christi gegenwärtig ist), akzeptiert Hus nicht und bleibt auf dem Boden der kirchlichen Tradition. Er ist jedoch angesichts der Deformation der Kirche, in einer Zeit in der die Kirche zuerst zwei, nachher sogar drei Päpste hat, begeistert von Wyclifs Gedanken, dass die Kirche eine unsichtbare Gemeinschaft der zur Erlösung Erwählten ist, dass in der sichtbaren Kirche, wenn sie nicht fähig ist, nach dem Evangelium zu leben, die weltliche Macht Ordnung schaffen soll, und dass niemand für sein Amt nur durch den Auftrag, sondern auch durch seine moralische Qualifikation legitimiert sein muss. Johannes Hus war nicht nur – wie es oft gesagt wird – ein Epigon von Wiclif. Doch sehr nahe war ihm Wiclifs Methode des Denkens, es gab ähnliche philosophische und geistliche Wurzeln: wie bei Wiclif war auch bei Hus eine Neigung zum Platonismus vorhanden, beide haben den heiligen Augustin bewundert.

Der Prager Erzbischof Zbyněk Zajíc von Hasenburg hat zuerst die kritischen Ansichten von Hus unterstützt, ja er hat ihn sogar zweimal zum Synodalprediger ernannt. Die Streitigkeiten um Wiclif an der Prager Universität, die 1403 begannen (die tschechischen Professoren haben ihn verteidigt, die Ausländer haben Wiclif als Ketzer verurteilt), wollte der Erzbischof durch das Verbot der Wiclifschen Ansichten beenden. Damit beginnt der Bruch mit dem Erzbischof.

Seine Gegner erregte Hus durch seine Kritik, die er nicht nur an der Universität äußerte, sondern auch auf den Synoden. Diese Kritik war üblich und modern in den intellektuellen Kreisen und wurde sogar in der tschechischen Sprache von der Kanzel in der Betlehemskapelle vorgetragen. Im Zusammenhang mit der Tätigkeit von Hus in der Betlehemskapelle sind seine Sonntags- und Festtagspredigten und die tschechische Abfassung von einigen lateinischen geistlichen Liedern entstanden (z.B. Jesus Christus, du freigiebiger Priester) und ethische Traktate wie z.B. Die neun Goldstücke, Über die sieben Todsünden, Der kleine Sündenspiegel und ein Traktat gegen die Vermehrung des Eigentums der Kirche.

Nach 1408 wurden die Angriffe gegen Hus seitens seiner Gegner immer stärker. Manche kamen aus den Reihen des weltlichen Klerus und des Ordensklerus. Der Grund war die Kompromisslosigkeit und Wahrhaftigkeit des Predigers. Vorwand war die Tatsache, dass er sich dem in England sowie auch in Böhmen verbotenem Wiclif angenähert hatte, der 1384 gestorben war.

Als Wenzeslaus IV. Anfang 1409 wegen des Widerstandes der deutschen Professoren nicht erreichen konnte, dass sich die Prager Universtität an den französischen Vorschlag zur Lösung des päpstlichen Schismas anschließt (der Vorschlag war, dass beide Päpste abtreten sollten und ein neuer gewählt wird, erließ er am 18.1.1409 das sogenannte Kuttenberger Dekret. Durch dieses Dekret wurde vom König den tschechischen Professoren an der Universität drei von vier Stimmen verliehen. So wurde die Unterstützung des Vorschlags des Königs abgesichert. Nach der neuen Ordnung wurde Magister Johannes Hus im Herbst zum neuen Rektor der Universität gewählt.

Der Erzbischof ließ 1410 die Schriften von Wiclif verbrennen. Dagegen protestierte Hus von der Kanzel und wurde dafür mit dem Bann belegt. Aber Hus setzte seine Tätigkeit fort. Er schrieb sogar über dieses Thema ein Traktat De libris hereticorum legendis Über die zu lesenden ketzerischen Bücher. Der Erzbischof klagte Hus beim neuen Papst Johannes XXIII. an, und Hus wurde zum päpstlichen Gericht gerufen, wohin er aber nicht ging. Im Gegenteil: er verstärkte noch seine Tätigkeit in der Betlehemskapelle und an der Universität. Er schrieb ein Traktat Replica contra occultum adversarium. Der Erzbischof verstärkte den Bann, er ließ den Bann noch beim Papst bestätigen und im März 1411 in allen Kirchen in Prag proklamieren. Der jähzornige König verwies den Erzbischof Zbyněk der Stadt Prag, der nach Ungarn zum König Sigmund wollte, aber unterwegs gestorben war. Zum neuen Erzbischof wurde Albík aus Uničov; die Situation in Prag wurde dadurch nicht ruhiger, sondern verschärft.