Proti pálení knih zněly v pražských ulicích satirické písně:

Zajíc biskup abeceda
spálil knihy a nevěda,
co je v nich napsáno.

Hus proti pálení napsal útočný spis De libris haereticorum legendis (O četbě kacířských knih).

Na univerzitě ve dnech 27. července až 6. srpna vystoupil Hus a s ním dalších pět mistrů, přestože jim hrozila klatba, s obhajobou šesti Viklefových traktátů.

Ke kurii došly brzy i arcibiskupovy žaloby na Husa, který byl obviněn z hlásání  bludného učení a pobuřujícího kázání. Spor byl v rukách kardinála Colonny,  pozdějšího papeže Martina V.

Soudce kardinál Colonna předvolal Husa na soud ke kurii. Hus vyslal do Itálie své prokurátory, v čele s právníkem mistrem Janem z Jesenice, aby usilovali o zproštění z osobní citace. Sám se k soudu nedostavil a zůstával doma zatím v poměrném bezpečí.

V lednu roku 1411 řídil Hus na univerzitě disputaci „de quodlibet", což bylo reprezentativní učené shromáždění univerzity.

V soudním řízení proti Husovi podali jeho prokurátoři stížnost proti soudci Colonnovi pro předpojatost. Přesto kardinál vyhlásil proti Husovi na jaře 1411 klatbu pro nedostavení se k soudu. Proces u soudu pokračoval a Hus byl obviňován novými žalobami. Husovi odpůrci se snažili odstranit z vedení procesu mistra Jesenice, který Husa obratně hájil.

V Praze se zatím rozšířil konflikt mezi arcibiskupem a Husem, na jehož stranu se staví sám král. Pod tlakem krále Václava ustanovená komise s prominentními účastníky rozhodla ve prospěch Husův a arcibiskup byl donucen k ústupu a závazkům, že se zasadí o zrušení klateb na Husa. Hus se vždy dovolával platnosti této dohody, která jej ospravedlnila, ale arcibiskup ji nedodržel, v září ji odmítl a odjel z Prahy. Na cestě ke králi Zikmundovi do Uher však zemřel. Nenaplněním dohody s arcibiskupem, se Husovo postavení zhoršilo.

V Římě se změnil soudce, řízení sporu převzala čtveřice kardinálů, kteří svěřili rozhodnutí kardinálu Zabarellovi, arcibiskupovi florentskému, vynikajícímu právníkovi. Nezaujatý a juristicky přesný soudce byl připraven Husa zprostit osobní přítomnosti u soudu, ale byl odvolán, aniž mohl řízení dokončit.

Napjatá situace se  vytvářela již od roku 1403 při polemikách o Viklefovo učení. Tehdy německý mistr Hübner doplnil dosavadní články vybrané z Viklefových spisů na počet 45 a označil je jako bludné. Spory o Viklefa se nyní rozhodl ukončit, i arcibiskup, který při synodách roku 1406 a 1408 vydal zákaz hlásat Viklefovy názory a studovat jeho spisy. Někdy koncem roku 1408 nebo počátkem 1409 vydal dokonce příkaz k odevzdání Viklefových knih ke zjištění, zda v nich jsou obsaženy bludy. Navíc byly vyhlášeny zákazy kázání ve Viklefovském duchu a tím byl postižen i Hus jako kazatel v Kapli betlémské.

Proti tomu se odvolalo pět pražských studentů k papežskému stolci. Synoda z  června 1409 oficiálně vyhlásila povinnost odevzdat Viklefovy knihy. Napětí mezi  arcibiskupem a Husem a jeho straníky se stupňovalo. Na podzim roku 1409 byl  Hus zvolen rektorem univerzity.

Jako rektor pronesl Hus 3. prosince 1409 kázání na paměť Karla IV.: Confirmate corda vestra, (Upevněte svá srdce).

Arcibiskup reagoval na žalobu studentů u kurie žádostí o schválení svých příkazů k odevzdání Viklefových knih a zákazu kázání na soukromých místech. To se podařilo a papež Alexandr V. dne 20. prosince 1409 vydal bulu, jež plně vyhověla přáním arcibiskupa a navíc ho zmocnila, aby si dal předložit Viklefovy knihy, aby  zmizely z očí věřících. Současně zakázala kázání na soukromých místech, čímž měla být postižena Kaple betlémská. Hus byl přesvědčen - zdá se, že právem - že bula byla "koupena". Papež zrušil také citaci proti arcibiskupovi.

Kázání pokračovala, bula nebyla v Praze respektována a proti jejím ustanovením protestovala i pražská univerzita.

Synoda z června 1410 obnovila příkaz k odevzdání knih a nařídila jejich spálení. Proti tomu podal Hus spolu s několika dalšími účastníky žalobu k papežské kurii. Jeho podáním se jeho záležitost dostala před papežský soud. Arcibiskup vyhlásil proti apelantům klatbu a dne 16. července 1410 dal arcibiskup knihy skutečně  spálit.

Až do roku 1408 se těšil Hus přízni arcibiskupa Zbyňka Zajíce z Hazmburka.  Dvakrát, v létech 1405 a 1407, se mu dostalo cti kázat při synodách a  nedocházelo k žádným nedorozuměním ani pro stále se rozšiřující církví  nepřijatelné Viklefovy názory. Hus nepřestával kritizovat neblahý stav kněžstva.

Teprve roku 1408 podali pražští faráři u arcibiskupa žalobu na Husa, který kázal  proti hrabivosti kléru a proti různým platům, které kněží vybírali za své úkony. Hus v obšírné odpovědi vyložil své zásady. Prozatím se nesetkal se žádným  nepříznivým důsledkem.

Před koncem roku 1408 se na mezinárodní politické scéně rozvířila složitá otázka odstranění papežského schismatu, trvajícího již 30 let. K odstranění  dvojpapežství a opětného získání církevní jednoty svolali kardinálové koncil do  Pisy. Jejich snaze byl nakloněn král Václav IV., ale jeho úsilí na univerzitě  podporoval jen národ český, zatímco tři ostatní národy - bavorský, saský a polský - odporovaly.

Univerzitní národy nebyly výrazem národnostní jednoty - byla sdružení členů univerzity pocházejících z určitých územních celků. )

Vyjednávání dlouho nikam nevedlo a proto se král Václav rozhodl z podnětu českých mistrů, mezi nimi i Husa, změnit poměr hlasů na univerzitě tak, že český  národ měl mít napříště tři hlasy a cizí národy dohromady jen jeden. Stalo se tak 18. ledna 1409 tzv. Dekretem kutnohorským Husova účast při jednání v Kutné Hoře není prokázána, ale jeho podíl na vydání Dekretu je uznáván.

Ačkoli se cizí profesoři a studenti snažili změnit královo rozhodnutí, nepodařilo se jim to a z Prahy uraženě odešli. Prahu opustilo přibližně 800 studentů a profesorů, protože prameny nedovolují úplná zjištění, lze připustit, že počty byly vyšší.

Počty profesorů a studentů, kteří odešli na jiné univerzity:

• Lipsko 302
• Erfurt 52
• Vídeň 36
• Kolín nad Rýnem 6
• Bologna 4
• Heidelberg 3
• Krakov 3
• Paříž 2