Proti tomu se odvolalo pět pražských studentů k papežskému stolci. Synoda z června 1409 oficiálně vyhlásila povinnost odevzdat Viklefovy knihy. Napětí mezi arcibiskupem a Husem a jeho straníky se stupňovalo. Na podzim roku 1409 byl Hus zvolen rektorem univerzity.
Jako rektor pronesl Hus 3. prosince 1409 kázání na paměť Karla IV.: Confirmate corda vestra, (Upevněte svá srdce).
Arcibiskup reagoval na žalobu studentů u kurie žádostí o schválení svých příkazů k odevzdání Viklefových knih a zákazu kázání na soukromých místech. To se podařilo a papež Alexandr V. dne 20. prosince 1409 vydal bulu, jež plně vyhověla přáním arcibiskupa a navíc ho zmocnila, aby si dal předložit Viklefovy knihy, aby zmizely z očí věřících. Současně zakázala kázání na soukromých místech, čímž měla být postižena Kaple betlémská. Hus byl přesvědčen - zdá se, že právem - že bula byla "koupena". Papež zrušil také citaci proti arcibiskupovi.
Synoda z června 1410 obnovila příkaz k odevzdání knih a nařídila jejich spálení. Proti tomu podal Hus spolu s několika dalšími účastníky žalobu k papežské kurii. Jeho podáním se jeho záležitost dostala před papežský soud. Arcibiskup vyhlásil proti apelantům klatbu a dne 16. července 1410 dal arcibiskup knihy skutečně spálit.