Jedno z útočišť po odchodu z Prahy nalezl Hus zřejmě na hradě Egerberku, který se vypíná nedaleko vsi Lestkov na jižním břehu Ohře. Hrad v té době vlastnil Mikuláš Augustinův, řečený Bohatý, zastávající úřad nejvyššího písaře. Pod ochranou mocného příznivce zde mistr Jan krátce pobýval na přelomu let 1412 – 1413 a zahájil v tehdy přepychovém sídle práci na české Postile.

Na počátku roku 1413 byl Hus opět v Praze a hovořil o dalším postupu své pře se šlechtickými přívrženci. Jeho opětovná kázání v Betlémské kapli však vzbudila rozruch, takže se raději stáhl a ve volném čase dokončil Knížky o svatokupectví, v nichž, opíraje se o názory Viklefovy, podrobil tvrdé kritice kupčení s církevními úřady a odsoudil jakoukoliv směnu „duchovní věci za neduchovní…" Poslední věty napsal, jak sám udává, na „Hromnice 2. února léta tisícieho čtyrstého třináctého".

Od jara 1413 se Hus sbližoval s významným šlechtickým politikem Čeňkem z Vartenberka, který od roku 1414 vykonával úřad nejvyššího purkrabího pražského a od roku 1412 byl poručníkem nezletilého Oldřicha z Rožmberka, dědice rozsáhlých statků ležících především v jižních Čechách. Pan Čeněk se stal předním Husovým přívržencem a ochráncem. Svůj příklon k Husovu výkladu božího zákona snad manifestoval i pořízením skvostně zdobené Bible, jejíž písař se částečně přidržel nejstaršího českého překladu Písma a částečně již druhého a třetího překladu, odrážejících husitský přístup ke stěžejnímu křesťanskému textu. Výzdoba rukopisu, jehož vznik odborníci kladou do let 1414 - 1420 a obsahujícího též Husův Menší výklad na desatero, sepsaný po roce 1412, prozrazuje přímou souvislost s uměním dvora Václava IV.

Sílící kampaň proti Husovi si vynutila, aby betlémský kazatel nalezl místo, v němž by se cítil bezpečně. Pan Čeněk z Vartenberka mu na jaře či v létě 1413 vyhlédl jihočeský Kozí hrádek, který drželi bratři Jan a Ctibor z Kozí. Zde, nedaleko Sezimova Ústí, psal Hus svá vrcholná díla a vydával se kázat do blízkého i vzdálenějšího okolí. Sám o tom vydal svědectví: „Prvé sem kázal v městech i v uliciech, ale nyní káži mezi ploty, podlé hradu, jenž slove Kozí, mezi cěstami měst i vsí..." Není vyloučeno, že Hus, zaštítěný ochranou pana Čeňka, kázal i na blízkých rožmberských hradech Příběnicích a Choustníku.

Na Kozím hrádku měl pracovitý Hus dostatek času nejen kázat, ale také promýšlet svá stanoviska a psát texty zásadní povahy. Není vyloučeno, že právě zde dokončil své stěžejní latinsky psané dílo De Ecclesia církvi v němž prohlásil za skutečnou církev Kristovu všechny věrné křesťany předurčené ke spasení, nikoliv institucionální církev v čele s papežem. Tato práce později výrazně přispěla k Husovu odsouzení v Kostnici. K českému laickému publiku se obracel česky psanou Postilou, souborem kázání, dokončených na Kozím hrádku 27. října 1413.

 

Všemohoucí bůh jediný v bytnosti a trojí v osobách, je první a poslední útočiště utlačovaných. On je Hospodin, který střeží pravdu na věky a zjednává právo a milosrdenství těm, jimž se děje bezpráví. Blízko je všem, kdo ho vzývají v pravdě, zajaté zbavuje pout, „uskutečňuje touhu těch, kdo se ho bojí, střeží všechny, kdo ho milují, a záhubou trestá všechny nenapravitelné hříšníky."

Hle, opíraje se o tento nejsvětější a nejúčinnější příklad Vykupitelův, z těžkého útlaku, z křivého rozsudku a z předstírané klatby velekněží, zákoníků, farizeů a soudců, sedících na stolici Mojžíšově, k Bohu se odvolávám a jemu svěřuji svou při. V tom následuji šlépěje Spasitele Ježíše Krista, podobně jako se pokorně a prospěšně odvolali, když jim bylo bezprávně ukřivděno, svatý a veliký patriarcha cařihradský Jan Zlatoústý od dvou koncilů biskupů a duchovenstva, a v naději blažení biskupové Ondřej, biskup Pražský, a Robert, biskup Linkolnský, od papeže k svrchovanému a nejspravedlivějšímu soudci, který se nedá zastrašit bázní, ani zviklat přízní, ani získat darem, ani oklamat nepravdivými svědky.

Je tedy zřejmé, že jsem si nezasloužil, abych nesl potupnou známku vzdorovitého, protože jsem se nedostavil na předvolání k římské kurii nikoli z pohrdavosti, nýbrž z rozumných důvodů, jednak proto, že na cestě na mne ze všech stran číhaly nástrahy, jednak proto, že mne učinila ostražitým nebezpečí, do nichž upadli jiní, jako bylo oloupení a uvěznění mistrů Stanislava a Štěpána Pálče. Ti, chtějíce uposlech nout předvolání, byli v Bologni oloupeni o peníze a jiný majetek a potupně uvěznění. Jednali s nimi jako se zločinci bez jakéhokoli předchozího výslechu. Dále také proto, že moji zástupci byli odhodláni zavázat se  u římské kurie ke zkoušce ohněm s každým, kdo by se chtěl proti mně postavit jako žalující strana. Dále také proto, že mého zákonného zástupce u zmíněné  kurie uvěznili, třebaže, jak soudím, neprovinil se ničím.

Stará práva zajisté, ať už jde o práva božská ve Starém a Novém zákoně, nebo o práva kanonická, všechna hájí zásadu, že soudcové se mají odebrat na místa, kde byl podle udání zločin spáchán, a tam vyšetřovat oprávněnost obvinění proti obžalovanému nebo nařčenému výslechem těch, kdo obžalovaného znají z osobního styku, kdo nejsou zaujatí odpůrci nebo nepřátelé obžalovaného či udaného člověka, nýbrž jsou čestní a nikoho nehanobí, ano horlivě milují zákon Ježíš Krista. A konečně hájí zásadu, že se pohnanému nebo obžalovanému má dostat vhodného a bezpečného přístupu k soudu a že ani soudce ani svědkové nemají být jeho osobní nepřátelé. Poněvadž tedy zřejmě chyběly tyto podmínky, potřebné k tomu, abych se mohl dostavit živ a zdráv, měl jsem právo cítit se před Bohem prosto obvinění ze zatvrzelosti a zbaven předstírané a nestoudné klatby.

Já, Jan Hus z Husince, mistr svobodných umění a hotový bakalář svatého bohosloví na vysokém učení pražské university, kněz a kazatel potvrzený při kapli zvané Betlémská, svěřuji toto své odvolání Ježíši Kristu, soudci nejspravedlivějšímu, který spolehlivě zná, obhajuje a soudí, činí zřejmou a odměňuje spravedlivou při každého člověka.

Úryvky z českého překladu Husova odvolání ke Kristu.

V létě roku 1412 byl zahájen prodej odpustků vyhlášených papežem Janem XXIII. na válku proti neapolskému králi Ladislavovi. Proti tomu vystoupil Hus ve velké disputaci na univerzitě a odsoudil kramaření, odpustky i papežovu válku.

Při protiodpustkových bouřích v Praze byli popraveni tři mladí lidé - první oběti husitského hnutí. Hus ztratil podporu krále Václava a znovu hájil Viklefa.

Proces u papežského soudu pokračoval pro Husa nepříznivě. Jeho obětavý obhájce Jan z Jesenice byl sám obžalován z kacířství a zatčen. Podařilo se mu sice uprchnout, ale jeho další činnost v Husův prospěch byla znemožněna.

Nový soudce kardinál Pietro degli Stephaneschi vyhlásil proti Husovi zostřenou klatbu. Šlo však stále jen o Husovo nedostavení se k soudu, zatím nebylo rozhodnuto ve věci samé, tedy o Husových bludných názorech. Proti klatbě vynesené papežským soudem se Hus odvolával ke Kristu jako k nejspravedlivějšímu soudci.

Tímto činem se Hus ve skutečnosti vzepřel církevnímu soudu. Bylo to porušení jakýchkoli soudních pravidel, protože se obrátil na instanci, kterou kanonické právo neznalo. Hus se nikdy nezbavil výtky, že porušil soudní řád. Pod hrozbou interdiktu byl donucen odejít z Prahy.

Po svém návratu z Itálie, kde získal titul doktora práv na universitě v Bologni, prokazoval Husův právní poradce mistr Jan z Jesenice ve velkém projevu na universitě neoprávněnost klatby nad Husem.

Na venkově, pod ochranou svých šlechtických příznivců, Hus kázal a psal své velké polemické traktáty.