Betlémská kaple byla založena r. 1391 pražským kramářem Křížem a dvořanem Janem z Milheimu vysloveně po Milíčově vzoru ke kázání a vzdělání pražského lidu ve znalosti Bible a Boží pravdy. Nesměly se tu konat bohoslužby ani svátosti, to patřilo sousedícímu kostelu Filipa a Jakuba. Kaple byla bez lavic, aby se sem vešlo až tři tisíce posluchačů. A ti přicházeli zejména v napjaté době za Mistra Jana Husa. Kaple, řečená Betlém, byla dostavěna během dvou až tří let a jejím prvním kazatelem byl tehdejší stoupenec

reformního hnutí Jan Protiva. Když 1396 odešel, stal se jejím správcem Mistr Štěpán z Kolína, i ten však byl odvolán jinam. Hmotně byla kaple a její kazatel zajišťováni z různých darů a odkazů. Jako posluchač sem chodil i Tomáš ze Štítného, který žil v Praze několik let u své dcery Anežky.

Na jaře 1402 se stal v Betlémě kazatelem mladý kněz a posluchač univerzity Jan Hus. V přístavku kaple také deset let bydlel.  (Do oratoře v prvním poschodí měl měšťan Kříž přímý vstup pavlačí ze svého sousedního domu.) Oblíbenost Husových kázání zvyšoval i lidový zpěv českých duchovních písní a aktualizace současných církevních problémů.