Až do roku 1408 se těšil Hus přízni arcibiskupa Zbyňka Zajíce z Hazmburka.  Dvakrát, v létech 1405 a 1407, se mu dostalo cti kázat při synodách a  nedocházelo k žádným nedorozuměním ani pro stále se rozšiřující církví  nepřijatelné Viklefovy názory. Hus nepřestával kritizovat neblahý stav kněžstva.

Teprve roku 1408 podali pražští faráři u arcibiskupa žalobu na Husa, který kázal  proti hrabivosti kléru a proti různým platům, které kněží vybírali za své úkony. Hus v obšírné odpovědi vyložil své zásady. Prozatím se nesetkal se žádným  nepříznivým důsledkem.

Před koncem roku 1408 se na mezinárodní politické scéně rozvířila složitá otázka odstranění papežského schismatu, trvajícího již 30 let. K odstranění  dvojpapežství a opětného získání církevní jednoty svolali kardinálové koncil do  Pisy. Jejich snaze byl nakloněn král Václav IV., ale jeho úsilí na univerzitě  podporoval jen národ český, zatímco tři ostatní národy - bavorský, saský a polský - odporovaly.

Univerzitní národy nebyly výrazem národnostní jednoty - byla sdružení členů univerzity pocházejících z určitých územních celků. )

Vyjednávání dlouho nikam nevedlo a proto se král Václav rozhodl z podnětu českých mistrů, mezi nimi i Husa, změnit poměr hlasů na univerzitě tak, že český  národ měl mít napříště tři hlasy a cizí národy dohromady jen jeden. Stalo se tak 18. ledna 1409 tzv. Dekretem kutnohorským Husova účast při jednání v Kutné Hoře není prokázána, ale jeho podíl na vydání Dekretu je uznáván.

Ačkoli se cizí profesoři a studenti snažili změnit královo rozhodnutí, nepodařilo se jim to a z Prahy uraženě odešli. Prahu opustilo přibližně 800 studentů a profesorů, protože prameny nedovolují úplná zjištění, lze připustit, že počty byly vyšší.

Počty profesorů a studentů, kteří odešli na jiné univerzity:

• Lipsko 302
• Erfurt 52
• Vídeň 36
• Kolín nad Rýnem 6
• Bologna 4
• Heidelberg 3
• Krakov 3
• Paříž 2