V létě roku 1412 byl zahájen prodej odpustků vyhlášených papežem Janem XXIII. na válku proti neapolskému králi Ladislavovi. Proti tomu vystoupil Hus ve velké disputaci na univerzitě a odsoudil kramaření, odpustky i papežovu válku.
Při protiodpustkových bouřích v Praze byli popraveni tři mladí lidé - první oběti husitského hnutí. Hus ztratil podporu krále Václava a znovu hájil Viklefa.
Proces u papežského soudu pokračoval pro Husa nepříznivě. Jeho obětavý obhájce Jan z Jesenice byl sám obžalován z kacířství a zatčen. Podařilo se mu sice uprchnout, ale jeho další činnost v Husův prospěch byla znemožněna.
Tímto činem se Hus ve skutečnosti vzepřel církevnímu soudu. Bylo to porušení jakýchkoli soudních pravidel, protože se obrátil na instanci, kterou kanonické právo neznalo. Hus se nikdy nezbavil výtky, že porušil soudní řád. Pod hrozbou interdiktu byl donucen odejít z Prahy.
Po svém návratu z Itálie, kde získal titul doktora práv na universitě v Bologni, prokazoval Husův právní poradce mistr Jan z Jesenice ve velkém projevu na universitě neoprávněnost klatby nad Husem.
Na venkově, pod ochranou svých šlechtických příznivců, Hus kázal a psal své velké polemické traktáty.