Proti pálení knih zněly v pražských ulicích satirické písně:
Zajíc biskup abeceda
spálil knihy a nevěda,
co je v nich napsáno.
Hus proti pálení napsal útočný spis De libris haereticorum legendis (O četbě kacířských knih).
Na univerzitě ve dnech 27. července až 6. srpna vystoupil Hus a s ním dalších pět mistrů, přestože jim hrozila klatba, s obhajobou šesti Viklefových traktátů.
Ke kurii došly brzy i arcibiskupovy žaloby na Husa, který byl obviněn z hlásání bludného učení a pobuřujícího kázání. Spor byl v rukách kardinála Colonny, pozdějšího papeže Martina V.
Soudce kardinál Colonna předvolal Husa na soud ke kurii. Hus vyslal do Itálie své prokurátory, v čele s právníkem mistrem Janem z Jesenice, aby usilovali o zproštění z osobní citace. Sám se k soudu nedostavil a zůstával doma zatím v poměrném bezpečí.
V lednu roku 1411 řídil Hus na univerzitě disputaci „de quodlibet", což bylo reprezentativní učené shromáždění univerzity.
V soudním řízení proti Husovi podali jeho prokurátoři stížnost proti soudci Colonnovi pro předpojatost. Přesto kardinál vyhlásil proti Husovi na jaře 1411 klatbu pro nedostavení se k soudu. Proces u soudu pokračoval a Hus byl obviňován novými žalobami. Husovi odpůrci se snažili odstranit z vedení procesu mistra Jesenice, který Husa obratně hájil.
V Praze se zatím rozšířil konflikt mezi arcibiskupem a Husem, na jehož stranu se staví sám král. Pod tlakem krále Václava ustanovená komise s prominentními účastníky rozhodla ve prospěch Husův a arcibiskup byl donucen k ústupu a závazkům, že se zasadí o zrušení klateb na Husa. Hus se vždy dovolával platnosti této dohody, která jej ospravedlnila, ale arcibiskup ji nedodržel, v září ji odmítl a odjel z Prahy. Na cestě ke králi Zikmundovi do Uher však zemřel. Nenaplněním dohody s arcibiskupem, se Husovo postavení zhoršilo.
V Římě se změnil soudce, řízení sporu převzala čtveřice kardinálů, kteří svěřili rozhodnutí kardinálu Zabarellovi, arcibiskupovi florentskému, vynikajícímu právníkovi. Nezaujatý a juristicky přesný soudce byl připraven Husa zprostit osobní přítomnosti u soudu, ale byl odvolán, aniž mohl řízení dokončit.