Až do roku 1408 se těšil Hus přízni arcibiskupa Zbyňka Zajíce z Hazmburka. Dvakrát, v létech 1405 a 1407, se mu dostalo cti kázat při synodách a nedocházelo k žádným nedorozuměním ani pro stále se rozšiřující církví nepřijatelné Viklefovy názory. Hus nepřestával kritizovat neblahý stav kněžstva.
Teprve roku 1408 podali pražští faráři u arcibiskupa žalobu na Husa, který kázal proti hrabivosti kléru a proti různým platům, které kněží vybírali za své úkony. Hus v obšírné odpovědi vyložil své zásady. Prozatím se nesetkal se žádným nepříznivým důsledkem.
Univerzitní národy nebyly výrazem národnostní jednoty - byla sdružení členů univerzity pocházejících z určitých územních celků. )
Vyjednávání dlouho nikam nevedlo a proto se král Václav rozhodl z podnětu českých mistrů, mezi nimi i Husa, změnit poměr hlasů na univerzitě tak, že český národ měl mít napříště tři hlasy a cizí národy dohromady jen jeden. Stalo se tak 18. ledna 1409 tzv. Dekretem kutnohorským Husova účast při jednání v Kutné Hoře není prokázána, ale jeho podíl na vydání Dekretu je uznáván.
Ačkoli se cizí profesoři a studenti snažili změnit královo rozhodnutí, nepodařilo se jim to a z Prahy uraženě odešli. Prahu opustilo přibližně 800 studentů a profesorů, protože prameny nedovolují úplná zjištění, lze připustit, že počty byly vyšší.
Počty profesorů a studentů, kteří odešli na jiné univerzity:
- Lipsko 302
- Erfurt 52
- Vídeň 36
- Kolín nad Rýnem 6
- Bologna 4
- Heidelberg 3
- Krakov 3
- Paříž 2