Na počátku 15. století se do Čech dostaly z Anglie Viklefovy spisy, které Husa ovlivnily především zápalem o nastolení pořádku v církvi a kritikou její empirické podoby. Některé zásadní Viklefovy nové myšlenky, např. o svatém přijímání (Viklef učí, že zde není přítomna pravá krev a pravé tělo Kristovo), nepřijímá Hus ovšem vůbec a zůstává zcela na půdě tradice církve. Je ovšem - tváří v tvář nepořádkům, kdy církev má nejdříve dva, pak dokonce tři papeže - nadšen Viklefovými názory, že církev je neviditelné společenství předurčených ke spasení, že ve viditelné církvi, když není sama schopna žít podle evangelia, má nastolit pořádek světská moc a že nikoho pro výkon jeho úřadu nelegitimuje úřední pověření, ale kvalifikace mravní. Hus nebyl, jak se často tvrdí, pouhým epigonem Viklefovým, ale byla mu blízká Viklefova metoda myšlení, neboť jeho filosofické a duchovní kořeny byly podobné: stejně jako Viklef se klonil k platonismu a obdivoval sv. Augustina.
Pražský arcibiskup Zbyněk Zajíc z Hazemburku nejprve Husovy kritické názory podporoval; dokonce ho dvakrát určil za synodního kazatele pro duchovenstvo pražské arcidiecéze. Spory o Viklefa, které začaly už v r. 1403 na pražské univerzitě (čeští mistři Viklefa hájili, cizinci poukazovali na to, že je kacíř), pokusil se arcibiskup uzavřít zákazem Viklefových názorů (1406). A tím začíná Husova roztržka s arcibiskupem.
Husovým odpůrcům zejména vadilo, že se kriticky vyjadřuje vůči nim nejen na univerzitě a na synodách (tato kritika byla nejen obvyklá, ale i „módní" v intelektuálních kruzích), ale i česky z betlémské kazatelny. V souvislosti s Husovou činností v Betlémě vznikají kázání na neděle a svátky, české zpracování některých mešních latinských písní (např. Jezu Kriste, štědrý kněže) a mravokárné traktáty, jako např. Devět kusů zlatých (zpracování starší předlohy), O sedmi smrtelných hříších, asi i Zrcadlo hříšníka menší a traktát proti hromadění majetku církví O braní odúmrtí.
Po r. 1408 se útoky Husových nepřátel, kteří pocházeli především z řad světského i řádového kléru, zvyšovaly. Důvodem byla kazatelova mravní nesmlouvavost a opravdovost, záminkou pak skutečnost, že se v mnohém ve své kritice opravdu nápadně blížil v Anglii i v Čechách zakázanému Viklefovi, který byl již dávno mrtev († 1384).
Když Václav IV. nemohl dosáhnout na počátku r. 1409 pro odpor německých mistrů, aby se pražská univerzita připojila k francouzskému návrhu na řešení papežského schizmatu, který sám podporoval (oba papežové odstoupí a bude zvolen nový), vydal dne 18. ledna tzv. Dekret kutnohorský. Tímto dekretem propůjčuje panovník mistrům Českého království při hlasování na univerzitě tři ze čtyř hlasů - tak byla zajištěna podpora královu řešení. Podle nového řádu byl pak na podzim zvolen rektorem pražské univerzity M. Jan Hus.
V r. 1410 dal arcibiskup spálit Viklefovy knihy; proti tomu Hus z kazatelny protestoval a byl za to dán arcibiskupem do klatby. Ve své činnosti však Hus pokračoval a napsal dokonce traktát na toto téma (De libris hereticorum legendis - O čtení knih kacířů).
Arcibiskup na Husa žaloval u nového papeže Jana XXIII. a M. Jan byl obeslán k pa-pežskému soudu, kam se však nedostavil. Naopak činnost v Betlémě i na univerzitě ještě zesílil; napsal i traktát Replica contra occultum adversarium - Odpověď proti skrytým nepřátelům. Arcibiskup klatbu proti Husovi ztížil, dal si ji potvrdit papežem a vyhlásil ji v březnu r. 1411 ve všech pražských kostelích. Prchlivý král vyhnal Zbyňka Zajíce z Prahy a ten na cestě za králem Zikmundem do Uher zemřel.
Novým arcibiskupem se stal Albík z Uničova, ale situace v Praze se neuklidnila, naopak přiostřila.